4. Les subdivisions et les exclus du règne fongique
 

Suivant les grandes lignes de la classification publiée par Ainsworth (1905-1998), les mycologues distinguent traditionnellement six grands groupes de champignons.

1. Les Myxomycota, plus connus sous le terme de myxomycètes, passent une partie de leur cycle sous forme d’un plasmode mobile assurant sa nutrition par phagocytose.

2. Les Mastigomycotina présentent un thalle formé d’hyphes non cloisonnées (thalle siphonné), des spores mobiles. Certains, principalement les Oomycota appartiennent aux Chromista et sont caractérisés par des spores biflagellées et une paroi cellulosique ; on y on trouve des parasites redoutables (mildious, hernie du chou, galle spongieuse, etc.) ; d’autres, les Chytridiomycota ont des spores uniflagellées et une paroi riche en chitine.

3. Les Zygomycotina à hyphes non cloisonnées et spores non flagellées. Ex : les Mucorales, Endogonales, Entomophtorales, etc.

4. Les Ascomycotina ou ascomycètes, à hyphes cloisonnées, qui fabriquent leurs méiospores à l’intérieur d’asques (endospores) qui s’ouvrent à maturité. Ex : les pézizes, truffes, xylaires, etc.

5. Les Basidiomycotina ou basidiomycètes, à hyphes cloisonnées, qui forment des exospores portées par des basides. Ex : les chanterelles, russules, polypores…

6. Les Deuteromycotina  ou deutéromycètes ou champignons imparfaits (groupe artificiel) regroupent les champignons dont on ne connaît pas de formes de reproduction sexuée (jamais d'asques ni de basides) ; leur reproduction sexuée à été perdue lors de l’évolution ou la liaison avec une forme parfaite sexuée connue (le téléomorphe) n’a pas encore été établie.

En fonction de la disposition des conidiophores et des conidies on distingue les Hyphomycètes à conidiophores ± isolés et les Cœlomycètes qui produisent leurs conidies dans des acervules, des pycnides (aspect de périthèces) ou des sporodochies (aspect d’apothécies).
Beaucoup de champignons lichénicoles sont (outre les Ascomycètes) des Hypho- ou des Cœlomycètes, qui sont généralement des formes imparfaites (anamorphes) d’Ascomycètes.

Parmi ces 6 groupes, le premier et certains représentants du deuxième ne possèdent pas les 7 caractères énumérés précédemment et ne peuvent plus être considérés comme des champignons au sens strict.

- Les Myxomycètes sont le plus souvent placés dans les Protistes.

- Les Mastigomycota à spores uniflagellées et paroi chitineuse (Chytridiomycota) sont conservés dans les Fungi, par contre les autres (surtout les Oomycota) à spores biflagellées et paroi cellulosique sont éliminés les Fungi et classés dans les Chromista avec les algues brunes et les diatomées (Les Oomycota sont considérés comme des algues ayant perdu leur chloroplaste et se comportant un peu comme les champignons).

Les Oomycota (et deux phylums voisins moins importants) et les Myxomycètes deviennent donc les délocalisés du règne fongique.

Ils sont toutefois par tradition et aussi attachement sentimental, toujours étudiés par les mycologues.

- Les Deuteromycota ne sont plus reconnus en tant qu’unité systématique depuis 1992. Si on ne sait pas actuellement à quelle forme sexuée est liée la forme imparfaite, deux possibilités sont offertes :
1^er cas) on fait appel aux données biochimiques, moléculaires ou aux électronographies (présence de dolipores chez les basidiomycètes), ce qui permet parfois de les placer dans les Asco- ou dans les Basidiomycètes ;
2^è cas) on les conserve provisoirement dans un ensemble artificiel, dépourvu de toute valeur systématique, dénommé les champignons anamorphes encore appelés ensemble des champignons mitosporiques.
 

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