2. La classification en 5 règnes
 

Dès la fin du XIX^e siècle, la conception dichotome du vivant commence à gêner de nombreux scientifiques. Si la distinction entre le règne animal et le règne végétal est facile pour les organismes multicellulaires visibles à l’œil nu, des difficultés apparaissent dès qu’il faut classer les espèces microscopiques et les organismes unicellulaires. Par exemple l’euglène possède des chloroplastes intracellulaires lui permettant la photosynthèse (caractère de végétal) et se déplace à l’aide de son flagelle (caractère d’animal).
Rapidement une nouvelle idée s’impose, la plus grande coupure dans le monde vivant n’est pas entre animaux et plantes mais entre procaryotes (cellules sans noyau = bactéries au sens large) et eucaryotes (cellules avec noyau). Cette distinction, proposée dans les années 1920 par Chatton (biologiste français) qui crée les terme de procaryotes et d’eucaryotes, commence à s’imposer dans les années 1960 suite aux publications du biologiste canadien Stanier.
 

Les procaryotes sont les premières formes vivantes apparues sur notre planète il y a plus de 4 milliards d’années. Ils ont progressivement mis au point des stratégies métaboliques de plus en plus performantes pour s’adapter à l’inhospitalité des milieux rencontrés. Vers -3,8 milliards d’années, certaines bactéries (les cyanobactéries) ont élaboré les pigments de photoconversion et inventé la photosynthèse, d’abord en utilisant les molécules d’H₂S, puis en utilisant les molécules d’H₂O ; c’est cette photosynthèse aérobie qui est à l’origine du dioxygène qui a commencé à se dégager dans l’atmosphère vers -2 milliards d’années.

Les bactéries et cyanobactéries vont continuer leur évolution et certaines vont réussir à s’associer, vivre en symbiose, former des cellules beaucoup plus grandes, acquérir des propriétés nouvelles qu’elles ne possèdent pas lorsqu’elles sont séparées. Progressivement les cellules eucaryotes vont prendre naissance, le matériel chromosomique s’enferme dans un noyau, les chloroplastes ayant pour origine les cyanobactéries résultant de l’endosymbiose, les mitochondries provenant de bactéries ayant domestiqué la production d’énergie en phase aérobie.

 Les premiers eucaryotes ne possèdent qu’une cellule (eucaryotes unicellulaires ou protistes) mais leur complexification va donner des organismes pluricellulaires ; rapidement les biologistes répartissent ces eucaryotes pluricellulaires dans 3 règnes différents (animaux, végétaux et champignons) selon leur modalité de nutrition et de production de l’énergie. Au total il y a donc 5 règnes :

1. Les Procaryotes : bactéries, archébactéries et cyanobactéries, dépourvues de noyau.
2. Les Protistes : eucaryotes (la cellule possède un noyau) unicellulaires.
3. Les Végétaux : eucaryotes pluricellulaires réalisant la photosynthèse.
4. Les Animaux : eucaryotes pluricellulaires hétérotrophes qui ingèrent.
5. Les Champignons : eucaryotes pluricellulaires hétérotrophes qui absorbent.
 

Les champignons ne sont donc plus placés parmi les Végétaux (en tant que Cryptogames, Thallophytes, non chlorophylliens) ; ils constituent un règne autonome, le cinquième règne ou règne fongique [du latin fungus = champignon].
 

Les algues unicellulaires, comme les algues vertes trouvées dans les lichens sont placées dans les végétaux, par exemple les Trebouxia et Trentepohlia dans les Chlorophyta (algues vertes).

Un lichen est donc constitué de partenaires appartenant à 3 règnes différents, champignon pour le mycosymbiote, végétal et/ou procaryotes pour le photosymbiote (algues vertes ou cyanobactéries).

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