Si aucun lichen ne figure dans la liste nationale des espèces végétales protégées, cer­taines espèces sont présentes dans des listes régionales. C'est le cas de Lobaria pulmonaria (L.) Hoffm., inscrit dans la liste régionale des espèces végétales protégées en Haute-Normandie et Basse-Normandie (arrêté du 3 avril 1990), ou de Peltigera ponojensis Gyeln. qui figure dans la liste régionale de la région Centre (arrêté du 12 mai 1993).

L'arrêté ministériel du 13 octobre 1989 fixe la liste des espèces végétales sauvages pouvant faire l'objet d'une réglementation préfectorale permanente ou temporaire.
Toutes les espèces de lichens fruticuleux peuvent faire l'objet d'un arrêté préfecto­ral. C'est le cas dans le département des Hautes-Alpes où l'arrêté préfectoral du 14 décembre 1992 limite la récolte de toutes les espèces de lichens fruticuleux « à ce que la main d'une personne adulte peut contenir », le colportage est interdit de même que la vente, l'achat de tout ou partie de ces espèces.

Les listes rouges ne constituent pas une protection légale opposable mais elles peu­vent être importantes pour la prise en compte des lichens dans la gestion ou la pro­tection de sites naturels d'intérêt patrimonial.
Contrairement aux autres pays européens, aucune liste rouge des lichens menacés n'existe actuellement en France (cependant des démarches sont en cours dans ce sens par des membres de l'A.F.L.). On peut citer la liste rouge des macrolichens dans la Communauté européenne par SÉRUSIAUX (1989) dans laquelle figurent plusieurs espèces pouvant être rencontrées en France comme Hypogymnia austerodes (Nyl.) Ras et Peltigera venosa (L.) Hoffm.

Le réseau européen Natura 2000 répond aux objectifs de deux directives : la direc­tive oiseaux (n°79/409/CEE du 2 avril 1979) et la directive habitat (n°92/43/CEE du 21 mai 1992). Cette dernière concerne la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvage.

L'annexe 5 de la directive habitat comprend, parmi les espèces animales et végéta­les dont le prélèvement dans la nature et l'exploitation sont susceptibles de faire l'objet de mesure de gestion, le « genre » Cladina.

Enfin, il faut signaler que divers sites en France sont protégés pour la richesse ou l'intérêt de leur flore lichénique, comme par exemple en forêt de Boulogne-sur-mer (Pas-de-Calais) ou le site de la Combe obscure dans la Drôme.